

A estação de Vila Matilde foi inaugurada em 1924 com plataformas de madeira, que ainda permaneceram nas extremidades da estação até sua desativação.
Durante a revolução de julho de 1924, foi usada como acampamento de tropas do Governo.
Sempre foi basicamente uma "estação de subúrbio". Foi reformada em 1966, quando foi construído um prédio para a bilheteria, com entrada pelo viaduto sobre a linha. Em 1988, sofreu uma nova reforma, tendo o prédio sido pintado de amarelo e o terceiro desvio da estação retirado por causa da nova estação de metrô.
Foi desativada em 27/5/2000, com a entrada em operação do Expresso Leste da CPTM.
Em 2007, sua antiga bilheteria, em um "viaduto" sobre a ferrovia, funcionava como sala de exposições e galeria. Em 2012, não havia mais nenhum uso definido para a velha e histórica estação, totalmente abandonada pela CPTM. Em 2017, a velha plataforma de madeira já havia sido totalmente erradicada.